한국에서는 대체의학의 위상이 특별한 법률적 문제를 안고 있다. 자연의학에 가까운 자생적 전통의술 내지 민간의술이 수천 년간 전승되어 광범위한 저변을 차지하고 있는 상태에서 100여 년전부터 수입된 서양의학이 의료제도의 중심을 차지하고 이중적 구조를 가지고 있으면서, 법률은 의사(양의사, 한의사)가 아니면 의료행위를 전혀 하지 못하도록 형벌로써 금지하고 법원의 판례는 의료행위의 개념을 광범위하게 확대함으로써 시술권을 의사들에게 독점시키고 민간의술은 철저히 억압하고 있으며, 양의사와 한의사간에도 서로 상대방의 고유한 시술방법을 침해하지 못하도록 하는 폐쇄적인 의료체계를 법제화하고 있기 때문이다. 이러한 제도는 한국의 역사적 의료전통과 풍토적·영성적 특성 및 국민 일반의 의료감정에 맞지 아니하는 데다 그 제도의 운용도 매우 경직되어 있어 의료체계가 아무런 철학도 없이 전체적으로 낙후되고 심각한 고비용·저효율에 빠져 있으며 국민의 의료주권은 철저히 무시되고 있어 심각한 의료 갈등을 야기하고 있다. 이런 상태에서 대체의학이 안게 되는 문제는 첫째, 대체의학적 시술이 의료법상의 의료행위에 해당하느냐, 즉 의사만이 할 수 있는 것이냐, 의사 아닌 일반인도 할 수 있는 것이냐 하는 것이고, 둘째, 의사만이 할 수 있다고 할 경우, 양의사의 영역이냐 한의사에 영역이냐 하는 것이며, 셋째, 의료행위에 해당하는 대체의학을 의사에게 독점시키는 제도가 과연 좋은가 하는 것 등이다. 이러한 문제들에 대하여 헌법·법률·판례·비교법을 종합하여 검토하고 대안을 제시하고자 한다.